중기부·국세청, AI 중소기업 2559곳 지원 연계

중소벤처기업부와 국세청이 인공지능(AI) 분야 중소기업·스타트업 2559개사를 대상으로 기술개발·사업화 지원과 세정지원을 연계한다. 중기부가 올해 20개 사업에 참여한 AI 기업 명단을 국세청과 공유하면, 국세청은 세무검증 부담을 낮추고 세액공제 상담과 자금 유동성 지원 등을 제공하는 방식이다. 창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외하고, 그 밖의 AI 중소기업은 신청을 거쳐 정기 세무조사를 2년간 유예한다. 지방 소재 기업의 유예 기간은 3년이다. 양 기관은 지난해 12월 체결한 업무협약의 후속조치로 이번 지원을 추진한다고 밝혔다.

중기부 20개 사업 참여 기업 명단 공유

중기부와 국세청은 11일 유망 AI 중소기업·스타트업 2559개사에 양 기관의 지원을 집중 연계한다고 밝혔다. 중기부가 AI 분야에서 성장 가능성이 높은 기업을 발굴해 기술개발과 사업화, 금융, 창업, 글로벌 진출을 지원하고 국세청이 해당 기업에 세정지원을 제공하는 부처 협업 방식이다. 지난해 12월 두 기관이 체결한 ‘AI 중소 스타트업 성장지원을 위한 업무협약’에 따른 후속조치다. 중기부는 올해 AI 모델과 서비스 개발, AI 기술의 산업 현장 적용 등을 지원하는 사업을 추진하고, 해당 기업 명단을 국세청과 공유했다.

지원 사업은 기업의 성장 단계와 사업 분야에 따라 폭넓게 구성됐다. AI 기술개발과 AI 응용제품 상용화, AI·AX(인공지능 전환) 우대보증, AI 기반 스마트공장, 딥테크 창업지원, 글로벌 액셀러레이팅 등이 포함됐다. 중기부는 모두 20개 사업을 통해 관련 기업을 지원했으며, 국세청은 중기부가 지원한 기업을 토대로 세정지원 대상을 확정한다. 이에 따라 기업은 기술개발과 사업화, 금융, 창업, 해외 진출 지원을 받는 과정에서 세무 관련 지원도 함께 신청하거나 안내받을 수 있게 된다. 양 기관은 정부 지원사업을 통해 성장 가능성을 인정받은 AI 기업에 산업·기업 지원과 세정지원을 연계하기로 했다.

창업 5년 이내는 조사 선정 제외

세무조사 관련 지원은 기업의 창업 기간과 소재지 등에 따라 다르게 적용된다. 창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정 대상에서 제외된다. 그 밖의 AI 중소기업은 납세자가 신청하면 정기 세무조사를 2년간 유예받을 수 있으며, 지방 소재 기업에는 3년의 유예 기간이 적용된다. 국세청은 명백한 탈루 혐의가 없는 기업을 법인세 신고내용 확인 대상에서도 제외하기로 했다. 신고내용 확인은 법인세 신고 뒤 신고 내용의 적정성을 확인하는 절차로, 지원 대상 기업의 세무검증 부담을 줄이기 위한 조치다.

조사 유예는 그 밖의 AI 중소기업이 납세자 신청을 해야 받을 수 있고, 창업 5년 이내 스타트업의 선정 제외와는 지원 방식이 다르다. 국세청은 신청 기업을 대상으로 세무조사 착수 예정일부터 유예 기간을 적용한다고 밝혔다. 지원 대상 기업이라도 국세청이 밝힌 적용 요건에 따라 세정지원 내용이 구분된다. 지원 기간은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지다.

세액공제 심사·환급과 전용 상담 지원

국세청은 세무검증 완화 외에도 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅을 우선 처리한다. AI 기업이 연구개발 과정에서 활용할 수 있는 세제 혜택을 확인하고 관련 신청을 진행할 수 있도록 지원하는 내용이다. 세액공제 사전심사는 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용과 관련한 절차이며, 법인세 공제·감면 컨설팅도 대상 지원에 포함됐다. 중기부는 AI 기술개발과 사업화 사업을 통해 기업을 지원하고, 국세청은 세액공제와 공제·감면 관련 세무 지원을 연계한다.

기업의 자금 운용을 돕는 지원으로는 납부기한 연장과 환급금 조기 지급이 제시됐다. 국세청은 납세담보 면제, 압류·매각 유예, 경정청구 우선 처리, 법인세·부가가치세 환급금 조기 지급도 제공할 계획이다. 세무 상담은 AI 기업 전용으로 운영한다. 홈택스에 AI 중소기업 전용 세무상담 서비스를 마련하고, 전국 세무서에도 전용 상담창구를 둬 세제 혜택을 안내하고 현장 애로사항을 수집한다. 이 같은 지원은 세무검증 부담 완화, 세액공제 절차 지원, 세금 납부와 환급을 통한 유동성 지원으로 나뉜다.

초기 투자 부담 고려해 부처 협업

양 기관은 AI 스타트업이 기술개발 초기부터 우수 인재 확보와 데이터·컴퓨팅 인프라 구축 등에 대규모 투자를 해야 하고, 안정적인 매출과 수익을 확보하기까지 상당한 시간이 걸릴 수 있다는 점을 지원 배경으로 제시했다. 중기부는 기술개발과 사업화, 금융, 창업, 글로벌 진출을 지원하고 국세청은 세무검증 최소화와 세액공제·컨설팅, 유동성 지원을 맡는다. 기업은 중기부 사업 참여에 따른 산업 지원과 국세청 세정지원을 연계해 받을 수 있다. 양 기관은 이를 통해 기업이 기술개발과 시장 진출에 역량을 집중하도록 지원한다는 계획이다.

이소영 중기부 장관은 “AI 산업의 경쟁력은 혁신적인 기술과 아이디어를 가진 스타트업이 얼마나 빠르게 성장할 수 있는 환경을 만들어 주느냐에 달려 있다”며 “이번 협업을 통해 중기부의 기술개발(R&D)·사업화·금융·글로벌 진출 지원과 국세청의 세정지원이 유기적으로 연결돼 유망 AI 중소·스타트업이 기술개발과 성장에 더욱 집중할 수 있는 기반을 만들겠다”고 말했다. 임광현 국세청장은 “AI 중소·스타트업은 기술혁신과 미래 성장동력 창출을 이끌 핵심 기업인 만큼 성장 과정에서 겪는 세무상 어려움을 줄여 기업이 연구개발과 사업에 집중할 수 있는 환경을 조성하는 것이 중요하다”고 밝혔다. 이어 “중기부와 긴밀하게 협력해 AI 기업이 현장에서 체감할 수 있는 실질적인 세정지원을 지속해 나가겠다”고 말했다.

세정지원은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지 시행된다. 중기부는 올해 20개 사업의 지원 기업 명단을 국세청과 공유했고, 국세청은 이를 토대로 대상 기업을 확정해 세무상 지원을 제공할 예정이다. 두 기관은 기술개발·사업화 지원과 세정지원을 연계하는 협업을 추진한다.

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